自然との調和と共生を目的に、兵庫県三木市吉川町にビオトープを開設しています。この総面積は、工場を含めて28万�u（約8万5千坪）で、ビオトープの広さだけでも約16万�u（約4万8千坪）、甲子園球場の約4個ほどの広さがあります。このビオトープの役割は、大切な自然環境の保全はもちろんのこと、生態系のバランスを保つことで、隣接した食品工場の安全で清潔な製造環境を維持・管理することにも貢献しています。

ビオトープの構成は、里山、棚田跡、畑、新池、ため池、湿地からなり、一歩足を踏み入れると身近に多様な植物が茂り、それを求めて虫や鳥が集まる自然を生かした場所となっています。
ここでは地元の方々を中心に、自然が大好きなボランティアの人々やミツカン社員らによって「ミツカンよかわビオトープ倶楽部」を結成し、三木市や「兵庫県立人と自然の博物館」の協力を得ながら、美しい自然を守りつつも、自然と触れ合う活動を楽しく行っています。

2003年より自然環境調査を毎年実施しており、2012年2月までの9年間の調査における総確認数は、植物：65科241種、魚類：5種、陸上昆虫：13目125科427種、水生小動物は極めて多彩で132種と、生物多様性が極めて高いことがわかっています。
珍しい植物としては、ビオトープ池で再生した「ミクリ」「ミズオオバコ」、魚類ではドジョウやメダカ、昆虫では、環境省絶滅危惧種指定の「オオキトンボ」、水生生物では、同省の準絶滅危惧種である「マルタニシ」「ヒラマキガイモドキ」など、多くの稀少生物が確認されています。